Основные инструменты налоговых органов по выявлению незаконных схем — это налоговые проверки. Никаких указаний относительно приоритетных направлений проверок у налоговых органов нет. В каждом конкретном случае они стремятся установить все обстоятельства, реальность и цель осуществления операций, а также соответствие использованных методов положениям закона. И если во время проверки выясняются факты, которые свидетельствуют о применении какой-либо схемы, проводятся контрольные мероприятия, в рамках которых вся схема «раскрывается». Один из важных инструментов такого контроля — назначение встречных проверок контрагентов с целью выявления возможных несоответствий информации и правонарушений. Налоговые органы имеют право подвергнуть допросу свидетелей, осмотреть помещение налогоплательщика, используемое для предпринимательской деятельности, привлечь специалистов и экспертов. Собирается доказательная база для обращения в суд, и уже в суде налоговые органы стремятся доказать незаконное уклонение от уплаты налогов.